Mehrere tausend Jahre, nachdem die Menschheit durch ein mysteriöses Phänomen versteinert wurde, erwacht der außergewähnlich intelligente und von der Wissenschaft begeisterte Senku Ishigami aus seinem Schlaf. Mit nichts außer Steinen und einer zusammengebrochenen Zivilisation um ihn herum fasst Senku den Entschluss, die Welt mithilfe von Wissenschaft wieder aufzubauen.