Die Geschichte von »Tide-Line Blue« spielt 14 Jahre nach einer verheerenden Naturkatastrophe, dem »Hammer von Eden«. Es haben nur etwa 10 % der Weltbevölkerung überlebt. Verschiedene neue Länder haben die »Neuen Vereinten Nationen« gegründet. Die Generalsekretärin Aoi versucht die Konflikte, die auf dem Globus existieren, mit Diplomatie zu lösen. Keen, der auf der Insel Yohabitsu lebt, gerät während des Angriffs eines geheimnisvollen, riesigen U-Bootes zwischen die Fronten.