De blinde Marie-Laure woont met haar vader in Parijs naast het Natuurhistorisch Museum, waar hij werkt als curator. Wanneer Marie-Laure twaalf is, bezetten de nazi's Parijs. Vader en dochter vluchten naar het Bretonse Saint-Malo; ze hebben echter de grootste en meest waardevolle schat van het museum meegenomen. Ondertussen belandt de Duitse Werner Pfennig, die opgegroeid is in een weeshuis in een Duits mijnstadje samen met zijn jongere zusje Jutta, bij de Hitlerjugend. Hij wordt vervolgens naar het front gestuurd. Via Rusland komt hij tenslotte in Saint-Malo terecht, waar zijn verhaal en dat van Marie-Laure kruisen.